Najwcześniejsza wzmianka na temat Secemina pojawia się w dokumencie Bolesława Wstydliwego z 1291 r., z którego wynika, że książę sandomierski i krakowski spotykał się tutaj z mnichami z klasztoru henrykowskiego.

W XIV w. był Stary Secemin był osadą, w której znajdował się młyn oraz kuźnia, obok której już rozwijało się miasto. W tym czasie pojawia się także informacja o pierwszych kapelanach parafii w 1385 r. – Jakuszu i Mikołaju.

Lokacja Secemina jako miasta królewskiego nastąpiła za panowania Kazimierza Wielkiego. Z kolei dzięki działaniom Władysława Jagiełły uzyskało ono z początkiem XV w. prawo do dwóch jarmarków oraz cotygodniowych targów. Tym dokumentem król nadał Secemin wraz z przedmieściem i wsią Bichniów Piotrowi Szafrańcowi herbu Stary Koń (w dowód wdzięczności za przeprowadzoną pod Grunwald chorągiew pancerną i walkę pod Grunwaldem). Piotr Szafraniec ufundował w mieście murowany kościół

. W okresie średniowiecza w mieście rozwijało się rzemiosło: rzeźnicy, szewcy, garncarze, sukiennicy, funkcjonowała łaźnia miejska oraz dwa młyny. Jednakże wydaje się, że miasto miało charakter przede wszystkim rolniczy – w XVI w. mieszczanie uprawiali: 40 łanów roli, 60 ogrodów, hodowano ryby, działał ośrodek bartniczy. Secemin był położony na szlakach komunikacyjnych powiązanych z najważniejszymi ośrodkami i szlakami  w kraju: na odcinku Secemin–Kurzelów był to fragment znanego szlaku handlowego – z Krakowa do Gdańska, z kolei trasa Secemin–Włoszczowa była to dla kupców z Lelowa, Olkusza czy  Koniecpola  najkrótszą drogą do Warszawy. Wreszcie popularna była trasa Chęciny–Małogoszcz–Secemin  z  karczmą  Brzeżańki koło Secemina.

Mieszkańcy dworu obronnego w Seceminie nie mieli dobrej opinii. Piotr Szafraniec, był, według Jana Długosza, rozbójnikiem. Miał on pod Seceminem obrabować na sumę siedmiu tysięcy florenów krakowskiego rajcę ze znanego rodu Wierzynków. Jego syn – Krzysztof Szafraniec, także trudnił się rozbojem, łupił kupców, szczególnie wrocławskich, porywał i więził ludzi. W końcu został on ujęty przez ludzi starosty krakowskiego i z rozkazu króla stracony w Krakowie w 1484 roku. Szafrańcowie byli właścicielami miasta do XVII wieku.

W 1519 r. król Zygmunt I Stary ponownie potwierdził status Secemina jako miasta na prawie magdeburskim oraz dał mu prawo organizowania kolejnych trzech jarmarków obok dwóch dotychczasowych; ponadto zwolnił mieszczan od opłat targowych w całym Królestwie.

W 1540 r. mieszkało tu ponad 600 osób. W mieście począwszy od połowy XVI w. rozwijał się ruch kalwiński. Funkcjonował założony w 1551–1553 r. przez Stanisława Szafrańca zbór o znaczeniu ogólnopolskim. W 1558 r. dziedzic miasta zmienił kościół parafialny na zbór, osadził przy nim Feliksa ze Szczebrzeszyna. W latach 1556–1617 23 razy zwoływano synody – w tym najważniejszy z nich datowany na 21.01.1556 r. synod różnowierczy. Na synodzie zebrali się znani kaznodzieje protestanccy oraz przedstawiciele szlachty, by debatować o wystąpieniu Piotra z Goniądza przeciwko dogmatowi Trójcy Świętej. W połowie XVI w. rezydował tu Feliks Cruciger – biskup kalwinów małopolskich, który zmarł w Seceminie 12.04.1563 roku.

Przy zborze kalwińskim funkcjonowała nie tylko szkoła elementarna, ale i znana powszechnie z dobrych nauczycieli szkoła wyższa. Kształcili się w niej secemińscy mieszczanie oraz między innymi Adam Bzowski, Jan Zbrowski (magnat). Gorącym zwolennikiem szkoły był Mikołaj Rej z pobliskich Nagłowic. Ostatnim jej rektorem był francuski humanista Jan Poetevinus. Szkoła szczyciła się bogatym księgozbiorem. W XVII w. nastąpił  schyłek okresu świetności Secemina – wojny szwedzkie, głód i pożoga wojenna doprowadziły do powolnego upadku miasta. Na ten czas datuje się początki osadnictwa żydowskiego w mieście.

Po śmierci Andrzeja Szafrańca, zagorzałego kalwinisty, kościół powtórnie oddany został katolikom przez Aleksandra Seweryna Dembińskiego w 1617 roku. Pierwszym proboszczem został ks. Jan Pętkowski, a nowym dziedzicem Aleksander Seweryn Dębiński herbu Rawicz. Dobra Secemina w prezencie ślubnym przekazał on córce Zofii, która wyszła za mąż za Jana Samuela Czarnockiego herbu Lis. W rękach rodziny Czarnockich majątek został do 1788 roku. W Seceminie wybudowali oni dwór, który przetrwał aż do lat siedemdziesiątych XX w., „z wysokim łamanym dachem i gankiem o siedmiu kolumnach… przed dworem krytym gontem klomby, i za mostkiem ogród pełen strych drzew, kanał z łukiem drugiego mostu i ogród różany… z drugiej północnej strony dworu za fosą pomieszczenia dla kur, kaczek, indyków, drwalnia, psiarnia i za płotem pasieka, inspekty i cieplarnia”.

W 1821 r. w Seceminie znajdowało się 110 domów (2 murowane), mieszkańców było 833, z czego 115 stanowili Żydzi.

W XIX w. dobra secemińskie po kądzieli przeszły w ręce rodu Ścibor Marchockich herbu Ostoja. Kolejnymi właścicielami miejscowych dóbr byli Michałowscy herbu Dąbrowa. Ostatnimi dziedzicami Secemina była rodzina Lochmanna (1860–1946) – Franciszek Brunon Edward – w secemińskim kościele zawarł związek małżeński z Klementyną Michaliną Ścibor Marchocką – której rodzina była właścicielami Secemina, po nim schedę przejął syn Edward Onufry Lochmann.

W 1859 r. Secemin miał 114 domów, mieszkańców 852, w tym 96 Żydów.

 W 1862 r. miał miejsce pożar, który zniszczył doszczętnie Secemin (spłonął między innymi już nieodbudowany później szpital), a nowe inwestycje państwowe, jak np. wybudowana „trasa krakowska”, niestety ominęły Secemin. Mieszkało tu wówczas 1200 osób (120 domów), znaczną część lokalnej społeczności stanowili Żydzi. W 1869 r. miasto na mocy reformy miejskiej utraciło prawa miejskie, których nigdy już nie odzyskało.

W czasie rozbiorów Secemin kilkakrotnie zmieniał przynależność administracyjną i polityczną – przechodził kolejno pod panowanie Austriaków, Prusaków oraz Rosjan. Od 1867 r. gmina znajdowała się na terenie guberni kieleckiej w powiecie włoszczowskim.

W czasie powstania styczniowego na terenie Secemina, w Rudnikach miała miejsce zwycięska walka powstańców – zmarłych pochowano na secemińskim cmentarzu (w walkach tych czynny udział brał Adam Chmielowski – później znany jako św. Brat Albert). Po raz kolejny powstańcy wrócili we wrześniu – w okolicy toczyły się regularne walki (ranni leczyli się w secemińskim lazarecie), zaś przez miasto przewinęła się kawaleria Chmieleńskiego uciekająca przed wojskami Czangierego – „na trasie z Czarncy do Secemina kawaleria była nieustannie ostrzeliwana, powstańcy wpadli w miejskie zabudowania, stąd przedostali się na zachód do lasu… by dołączyć w Rudnikach do oddziału piechoty”. Owe kilkudniowe walki zakończyły się sukcesem Chmieleńskiego – oddział nie został rozbity i jeszcze przez miesiąc mógł walczyć z Rosjanami.

Wraz z rozwojem oświaty w Seceminie powstała Szkoła Powszechna jako jedna z czterech w całym powiecie włoszczowskim. Pomimo popowstaniowych represji szkoła funkcjonowała nadal. Nauczano w niej w języku polskim. Na terenie Secemina aktywnie działała PMS (Polska Macierz Szkolna – założona w 1906 r.), wspierana przez Jana Uramowskiego, który uruchomił na terenie miasteczka w 1907 r. teatr amatorski. Aktywność koła koncentrowała się wokół organizacji nauki, kursów m.in. dla analfabetów, ponadto w Seceminie odbywały się pogadanki i odczyty. Działalność PMS została rozwiązana przez władze carskie.

W XIX w. Michał Rawita-Witanowski, opisując stan miasteczka stwierdził: „cichą mieścinę ożywiają tylko w porze letniej kompanie pątników spieszących na Jasną Górę. Zarabiają wtedy najlepiej sklepiki, z których jeden jest tylko katolicki oraz piekarze i rzeźnicy. Ludność bezrolna idzie od niejakiego czasu na zarobek do fabryk w Częstochowie, Zawierciu, Dąbrowie Górniczej… Uprawa roli niedbała, ogrodnictwo słabo rozwinięte. W ogóle lud w okolicach Secemina jest leniwy, mało przedsiębiorczy, nędznie się żywi i odziewa” Jan Lohmann wspomina, że „ludność Secemina trudniła się przede wszystkim stolarstwem, bednarstwem, kamieniarstwem, kopaniem i obróbką kamienia wapiennego, mularstwem kowalstwem, furmaństwem (wożeniem na stację kolejową w Żelisławicach  ludzi i towarów)”.

Biorąc pod uwagę dane statystyczne, należy podkreślić, iż był to powiat typowo rolniczy – w dwudziestoleciu międzywojennym z rolnictwa i leśnictwa utrzymywało się ponad 80% mieszkańców. Pozostałe dziedziny aktywności mieszkańców to: rzemiosło, handel oraz transport.

W niewielkim stopniu możemy mówić o rozwoju życia kulturalnego i społecznego w Seceminie na przełomie XIX i XX wieku. W miasteczku działała jedynie powołana w 1912 r. Ochotnicza Straż Pożarna, założona przez Jana Lochmanna. Natomiast nie udało się otworzyć biblioteki ani zawiązać innych organizacji kulturowych i społecznych.

W czasie I wojny światowej pomiędzy Wolą Czaryską a Bieganowem wojska niemieckie oraz austriackie usypały okopy – wprawdzie nie doszło tu bezpośrednio do walk, ale dochodziło do częstych rewizji, konfiskat żywności i paszy. Ludzie zmęczeni głodem i chorobami umierali na tyfus, hiszpankę, czerwonkę.

Po odzyskaniu niepodległości przez Polskę istniały w Seceminie dwie sale szkolne, zatrudniano dwóch nauczycieli.  W 1925 r. dołączono do Secemina wieś Brzozową i utworzono szkołę pięcioklasową. W 1937 r. został wybudowany nowy gmach szkolny, a szkoła miała siedmioklasowy stopień organizacyjny.

W czasie II wojny naukę prowadzono w ograniczonej formie, aktywnie działały tajne komplety. Wojska niemieckie wkroczyły do Secemina 3.09.1939 r., „całą ludność spędzono na Rynek i tam grożąc, że jeśli złapią polskich żołnierzy, spalą całe miasteczko, trzymano w śmiertelnej ciszy pod karabinami do wieczora… ogłoszono godzinę policyjną i inne restrykcje wojenne. Zarekwirowano towary w sklepach żydowskich. I dopiero wieczorem pozwolono wrócić do domów”. W czasie wojny na terenie gminy Secemin miały miejsce dwa ważne wydarzenia; w listopadzie 1943 r. doszło do tragedii w Bichniowie, kiedy to doszło do starcia partyzantów z Niemcami. W odwecie Niemcy rozstrzelali 44 mieszkańców wsi oraz 5 partyzantów. Drugim wydarzeniem była bitwa pod Krzepinem (27.10.1944 r.), w której partyzanci Armii Krajowej (AK) i Batalionów Chłopskich (BCH) zwyciężyli Niemców.

Po zakończeniu II wojny światowej w gminie rozpoczęto działania mające na celu powrót do „normalności”. W 1948 r. szkoła oraz gospodarstwa Secemina zostały zelektryfikowane. W okresie PRL w Seceminie aktywnie działali członkowie Zjednoczonego Stronnictwa Ludowego. Jego członkami byli zarówno chłopi jak i inteligencja wiejska. W Gminie nastąpił rozwój Kółek Rolniczych, Kół Gospodyń Wiejskich (a wraz z nim zespołu Ludowego Złoty Kłos), Rolniczej Spółdzielni Produkcyjnej. Obecnie w Seceminie rozwija się sztuka ludowa – malarstwo, koronkarstwo. Ambasadorem miasta  jest jego „ostatni dziedzic” Jan Lochmann  – znany pisarz i literat mieszkający w Krakowie.

Obecnie gmina zainwestowała w unowocześnienie infrastruktury – wybudowano nowy budynek przychodni, rozbudowano szkołę, buduje się kanalizację sanitarną i nową sieć wodociągu.

Secemin w okresie II wojny znajdował się na terenie powiatu jędrzejowskiego, po zakończeniu wojny – na terenie powiatu włoszczowskiego. Wraz z reformą administracyjną w 1975 r. znalazł się w granicach województwa częstochowskiego. Z kolei reforma samorządowa w 1999 r. zmieniła położenie administracyjne Secemina, który ponownie należy do powiatu włoszczowskiego w województwie świętokrzyskim. W 2004 r. liczył 1386 mieszkańców i 420 budynków. Na terenie Secemina są 22 sołectwa.